但元帝毕竟还算良心未泯，过了几个月，觉得心里不安，再说也确实需要萧望之等人，就下了一道诏令，封萧望之为关内侯，食邑六百户，进宫办事，其地位在朝廷上仅次于将军，并准备让他当丞相，这使石显一伙感到极度恐慌。正在这时，萧望之有一个做散骑中郎的儿子，名叫萧汲，没有通过父亲，就上书替父亲上次被逮捕入狱且削职为民的事喊冤，他以为皇上已重视萧望之了，可以平反昭雪前案，但他没有揣摩皇上的心理，反倒使得元帝恼羞成怒，立命有关官吏去审理此案。
官吏当然是承揣上意，哪敢据实办理，就向元帝报告说：“萧望之以前所犯过失是清楚明白的，不是别人陷害所致，现在皇上重新重用了他，他不感皇恩，却教唆儿子上书喊冤，诽谤皇上，这不是人臣的行为，对皇上犯有不敬之罪，当逮捕法办。”石显又添油加醋地对元帝说：“萧望之当将军的时候，就排挤史、许等皇上亲近的大臣，想独揽大权，他仗着自己是皇上老师，利用皇上的宽厚仁慈，肆无忌惮地兴风作浪，那时候就该治他的罪，现在皇上封侯赐官，他不仅不感谢浩荡的皇恩，反倒心怀不满，纵子上书，实在太不应该。如果不送到监狱里让他清醒一下，将来朝廷怎么能用他呢？”元帝觉得萧望之年纪已大，恐怕不肯受辱，会自杀。石显说：“上次入狱，他都没有自杀，这次犯的只是言语之罪，他更不会自杀。”这样，元帝批准了逮捕萧望之。